Le réseau Natura 2000 a été mis en place en application de la Directive "Oiseaux" datant de 1979 et de la Directive "Habitats" datant de 1992. Il vise à concilier les activités humaines et la préservation à long terme des espèces et des habitats menacés à l’échelle européenne. En Alsace, ce sont 16 habitats naturels et 76 espèces d’intérêt communautaire qui sont répartis sur 106 communes et 3 000 ha de SAU agricole.
Chaque site Natura 2000 est accompagné d’un DOCument d’OBjectifs (DOCOB) qui présente l’état initial du site puis définit les moyens à mettre en œuvre pour préserver et restaurer certains habitats, définis comme les lieux de vie des espèces animales et végétales dont la conservation est jugée prioritaire au niveau européen.
En France, la gestion s’effectue à travers l’adhésion à la charte Natura 2000 ou des mesures volontaires et rémunérées. En matière agricole, il s’agit des mesures agri-environnementales et climatiques (MAEC) dont les cahiers des charges cherchent à concilier au mieux la préservation de la biodiversité avec les activités agricoles. Outre des mesures volontaires, certains travaux ne peuvent être réalisés sans que l’on s’interroge au préalable sur leur impact possible sur les milieux naturels.
Aucune activité n’est à priori interdite dans un site Natura 2000, si ce n’est la destruction d’habitats d’intérêt communautaire ou d’espèces prioritaires, généralement protégées par ailleurs au titre du code de l’environnement.
Les terrains cultivés ne sont pas considérés comme des habitats d’intérêt particulier. Par contre, certaines prairies sèches, humides, ou extensives, certaines haies, bosquets, mares ou zones humides, ont pu être cartographiées comme habitats à préserver car ils abritent des espèces d’intérêt européen.
Un projet en zone Natura 2000 est soumis, comme tout autre projet, au respect du code de l’environnement qui peut se traduire par une déclaration ou autorisation en lien avec la loi sur l’eau, ICPE… En zone Natura 2000, le dossier doit également évaluer l’impact des travaux sur le site. Il est parfois nécessaire de modifier le projet pour réduire les impacts ou en dernier recours de les compenser.
La liste des projets soumis à évaluation des incidences est définie dans une liste nationale puis dans des listes locales. Pour l’agriculture, sont notamment concernés le retournement de prairies permanentes, l’arrachage de haies, la création de puits d’irrigation, l’épandage de boues de stations d’épuration, les installations ou travaux en cours d’eau, la création de plans d’eau ou de digues, l’assèchement ou les remblais en zone humide ou dans le lit majeur d’un cours d’eau, les ICPE et constructions soumises à déclaration ou à permis de construire en zone agricole ou naturelle.
Avant d’engager des travaux ou aménagements sur des parcelles à l’intérieur d’un site Natura 2000, il peut donc être utile de se renseigner sur la règlementation auprès de la Chambre d’agriculture ou consulter le DOCOB sur le site internet de la DREAL Grand Est.